定制木箱的结构设计直接影响其承载能力、稳定性和使用寿命。首先是木箱的框架结构，常见的有榫卯结构和钉接结构。榫卯结构是中国传统的木工连接方式，它通过木材之间的榫头和卯眼相互契合，使木箱的各个部件紧密连接，具有较高的强度和稳定性。这种结构适用于对木箱强度要求较高、外观要求精致的场合，如高档家具的包装。不过，榫卯结构的制作工艺复杂，成本较高。
钉接结构则是使用钉子将木箱的各个部件连接起来，操作简单，成本较低，是目前应用较为广泛的一种连接方式。在采用钉接结构时，要注意钉子的选择和钉入的位置。钉子的长度和粗细要根据木材的厚度和强度来确定，一般来说，钉子的长度应为木材厚度的 1.5 - 2 倍，以确保连接牢固。同时，钉子的间距也要合理，不宜过大或过小，过大可能导致连接不牢固，过小则会损坏木材。
其次是木箱的侧板和底板结构。侧板和底板的厚度要根据木箱的尺寸和承载重量来确定。对于尺寸较大或承载重量较重的木箱，侧板和底板的厚度要相应增加，以提高木箱的强度。此外，还可以在侧板和底板上添加加强筋，进一步增强木箱的承载能力。加强筋可以采用木条或金属条，安装在侧板和底板的内部或外部，根据实际情况选择合适的位置和形状。
另外，木箱的封口结构也不容忽视。常见的封口方式有平口对接和搭接。平口对接是将木箱的盖子和箱体直接对接，然后用钉子或胶水固定，这种方式外观简洁，但密封性能相对较差。搭接则是将盖子的边缘搭在箱体的边缘上，然后进行固定，密封性能较好，常用于对防潮、防尘要求较高的物品包装。
在设计木箱结构时，还要考虑到木箱的拆卸和组装方便性。对于一些需要重复使用的木箱，可以设计成可拆卸的结构，方便运输和储存。例如，采用连接件代替钉子，使木箱可以轻松拆卸和组装，提高木箱的使用效率。
